Pemerintah Daerah Sleman telah menetapkan tanggal 15 (lima belas) Mei tahun 1916 merupakan hari jadi Sleman. Penegasan ini diperlukan mengingat keberadaan Kabupaten Sleman jauh sebelum Proklamasi 17 Agustus 1945.
Dinas Kesehatan Kabupaten Sleman berdiri sejak tahun 1977, sehingga sampai saat ini telah mengalami 11 kali pergantian pimpinan, dengan urutan sebagai berikut:
| 1. Tahun 1977 | dr. Soegiatmo |
| 2. Tahun 1977 s/d 1978 | dr. Sarwoko |
| 3. Tahun 1978 s/d 1986 | dr. Soeyono |
| 4. Tahun 1987 s/d 1994 | dr. H.Moch. Harsono, M.Kes |
| 5. Tahun 1994 s/d 1995 | dr. Tuty Muninggar. |
| 6. Tahun 1995 s/d 2007 | dr. Sunartono, M.Kes |
| 7. Tahun 2007 s/d 2009 | drg. Intriati Yudatiningsih, M.Kes |
| 8. Tahun 2010 s/d 2016 | dr. Mafilindati Nuraini, M.Kes |
| 9. Tahun 2017 s/d 2018 | dr. Nurulhayah, M.Kes |
| 10. Tahun 2018 s/d 2021 | dr.Joko Hastaryo,M.Kes |
| 11. Tahun 2021 s/d sekarang | dr. Cahya Purnama, M. Kes |
Pada tahun 1995 – 2000 Dinas Kesehatan Kabupaten Sleman menjadi Percontohan Otonomi Daerah, dengan mencakup seluruh wilayah kerja di Kabupaten. Pada tahun 2006 Dinas Kesehatan menjalankan kegiatannya dengan mengimplementasikan SMM ISO 9001:2000 dan tahun 2009 dengan SMM ISO 9001:2015.
Mengikuti perkembangan Otonomi Daerah, Dinas Kesehatan Kabupaten Sleman menjadi organisasi perangkat daerah dari hasil penataan kelembagaan pada tahun 2016 berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Sleman nomor 11 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Sleman. Sedangkan kedudukan, susuanan organisasi, tugas dan fungsi serta tata kerja perangkat daerah diatur dengan Peraturan Bupati Sleman No 55.18 tahun 2021.